چکیده اي از کتب
"پروتئومیک"
تالیف مصطفی رضایی طاویرانی، سید امیر مرعشی، زھرا قلنبر و مھرناز مصطفوی
"بیوفیزیک"
تالیف مصطفی رضایی طاویرانی و ھمکاران
مقدمه و مفاهیم اولیه پروتئومیکس
پروتئومیکس روشی معقول براي ایجاد ارتباط بین اطلاعات موجود در توالی نوکلئوتیدي و خصوصیات عملکردي یک سلول میباشد از پروتئومیکس و تکنیکهاي آن در تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی، توصیف موتانتها، شناسایی و توصیف اثر عوامل غیر زنده بر موجود از طریق پروتئینهاي پاسخگو، مقاومت موجود به استرس و غیره در زمینه هاي مختلف از جمله پزشکی، کشاورزي، صنعتی و غیره بطور گسترده استفاده میشود افراد مرتبط با پژوهشهاي پروتئومیکس معمولاً در یک یا چند بخش از این قسمتها فعالیت میکنند .
جداسازي پروتئینها
تمامی تکنولوژیهاي پروتئومیکس به توانایی ما در خالص سازي و تفکیک اجزاء یک مخلوط پروتئینی وابسته است .
شناسایی پروتئینها
معمولاً توالی یک پروتئین بهترین شناسۀ آن است. روشهایی مانند روش توالی یابی ادمن به طور سنتی براي این منظور استفاده می شده اند، اما این روشها در کارهاي پروتئومیکس نمیتوانند کاربرد گسترده اي داشته باشند چرا که سرعت بسیار پایینی دارند درحال حاضر روشهاي طیف سنجی جرمی براي این منظور استفاده میشوند . داده اي که از این روشها بدست می آید معمولاً یکسري وزن مولکولی قطعات پپتیدي (اثر انگشت جرمی پپتید) و یا در دستگاه هاي پیشرفته تر چند توالی کوچک از بخشهاي مختلف پروتئین است. بعداً این داده ها را میتوان با داده هاي موجود در بانکهاي اطلاعاتی توالی پروتئینها مقایسه کرد و پروتئین مورد مطالعه را شناسایی نمود. امروزه از تراشه هاي پروتئینی هم ممکن است استفاده شود و پروتئینها را برحسب ویژگیهاي اتصالی آنها (که میتواند منحصر به فرد باشد) شناسایی میکنند .
اندازهگیري میزان پروتئین
براي اندازه گیري پروتئین از رنگ آمیزي معمولی ژلها به همراه نرم افزارهاي آنالیز تصویر میتوان استفاده کرد. در رنگ آمیزي افتراقی، دو نمونه مختلف به وسیله دو رنگ فلورسانت متفاوت برچسب گذاري میشوند و به طور همزمان روي ژل از همدیگر تفکیک می گردند. از روي رنگی که هر لکه روي ژل دارد میتوان به میزان بیان پروتئین درهریک از نمونه ها پی برد. روشهاي مختلفی نیز براي آنالیزهاي غیروابسته به ژل طراحی شده اند که از میان آنها میتوان به برچسب گذاریهاي تمایلی اشاره نمود .
آنالیزهاي محاسباتی توالی پروتئینها
مهمترین هدف در این بخش شناسایی یک پروتئین مجهول از میان یک بانک اطلاعاتی بزرگ از پروتئینهاست ، اما شناسایی دومینها ، پیشبینی عملکرد پروتئینها و شناسایی روابط تکاملی پروتئینها هم در این بخش مد نظر است .
پروتئومیکس ساختاري
در این بخش تلاش میشود ساختار سه بعدي پروتئینهاي یک پروتئوم با سرعت قابل قبولی تعیین گردد. در حال حاضر از ابزارهایی نظیر کریستالوگرافی اشعه X و نیز NMR براي این منظور بهره برده میشود .
پروتئومیکس برهمکنشها یا اینتراکتومیکس
در این بخش برهمکنش پروتئینها مورد مطالعه قرار میگیرد. مهمترین ابزاري که براي این منظور استفاده گردیده تکنیک دوهیبریدي مخمر (Y2H) میباشد. از تراشه هاي پروتئین نیز براي شناسایی برهمکنشها استفاده میشود .
شناسایی تغییرات پروتئینها
تقریباً تمامی پروتئینها کم وبیش با آنچه که از ترجمه خالص رونوشت ژنی آنها پیش بینی میشود تفاوتهایی دارند که به خاطر تغییرات شیمیایی پس از ترجمه حاصل شده است. روشهاي خاصی براي مطالعه این تغییرات ابداع شده اند که از میان آنها میتوان به فسفوپروتئومیکس (مطالعه فسفریله شدن پروتئینها) و گلیکوپروتئومیکس (مطالعه گلیکوزیله شدن پروتئینها) اشاره نمود .
پروتئومیکس سلولی
هدف این بخش، که قدمت چندانی ندارد، شناسایی محل دقیق پروتئینها و نوع برهمکنشهاي پروتئینی در رخدادهاي مختلف سلولی است. از جمله ابزارهایی که دراین بخش مورد استفاده قرار می گیرند میتوان به توموگرافی اشعه X و میکروسکوپ فلورسانس اشاره نمود .
برای داشتن دیدی بهتر و جهت دانلود خلاصه این کتاب شامل بخشهای زیر:
1- مقدمه و مفاهیم اولیه پروتئومیکس
2- تاریخچه پروتئومیکس
3- کاربردهای پروتئومیکس
4- وضعیت پروتئومیکس در جهان
5- دورنمای پروتئومیکس
همچنین مقالات زیر که در مورد پروتومیکس می باشد را مطالعه فرمایید .
1- proteomics
2- کاربرد بیوانفورماتیک در پروتئومیکس
3- پروتئومیکس روشی آسان برای تشخیص سرطان
4- پروتئوميكس و كاربردهاي باليني آن
*** >>> استفاده از مطالب این وبلاگ بدون ذکر منبع جایز نیست <<< ***
|
روز بخير كاربر مهمان! 
